Цель — сделать фотографии поверхности Европы высокого разрешения, создать точную карту ледяной коры с указанием её состава и толщины, а также изучить состав и солёность водного океана под этой ледяной корой.

Благодаря низкой орбите Europa Clipper сможет пролететь прямо сквозь струи водяного пара, которые вырываются из ледяной поверхности Европы на высоту более 100 километров. Аппарат проанализирует этот пар, чтобы определить, есть ли жизнь в подлёдном океане спутника Юпитера и возможна ли она вообще в таких условиях.

Европа считается одним из лучших кандидатов на существование внеземной жизни в Солнечной системе — под её ледяной корой, достигающей толщины 100 километров, находится океан из жидкой воды.

Он не замерзает из-за воздействия гравитации Юпитера, которая сжимает и растягивает Европу, подогревая её недра. В таких условиях могут жить примитивные микроорганизмы вроде бактерий.