Система базируется на процессоре Marvell Armada 385 88F6820: он содержит два 32-битных вычислительных ядра с тактовой частотой 1,8 ГГц. Объём оперативной памяти DDR3 составляет 1 Гбайт.

Внутри корпуса DiskStation DS116 есть место только для одного накопителя типоразмера 3,5 или 2,5 дюйма с интерфейсом Serial ATA 3.0. Пользователи смогут установить жёсткий диск вместимостью до 8 Тбайт или твердотельный модуль на основе флеш-памяти.

Хранилище оборудовано гигабитным сетевым контроллером и двумя портами USB 3.0, через которые могут подключаться внешние накопители. Габариты составляют 224 × 166 × 71 мм, вес — 700 граммов.

Новинка использует фирменную программную платформу Synology DiskStation Manager (DSM). Заявленная скорость передачи данных в режимах чтения и записи достигает примерно 110 Мбайт/с.